Необходимо отметить, что приведенное определение методов оценки и в трактовке ФКЦБ, и в трактовке МФ РФ в ПБУ 19/02 предполагает осуществление расчета за каждый месяц, а не с момента возникновения ценных бумаг на балансе компании. Например, оценка ценных бумаг при методе ФИФО основана на допущении что, ценные бумаги продаются в течении месяца в последовательности их поступления (приобретения), то есть ценные бумаги, первыми поступившие в продажу, должны быть оценены по первоначальной стоимости первых по времени приобретения с учетом стоимости ценных бумаг, числящихся на начало месяца. При применении этого способа, оценка ценных бумаг, находящихся в остатке на конец месяца, производится по фактической стоимости последних по времени приобретения, а в стоимости продажи (выбытия) ценных бумаг учитывается стоимость ранних по времени приобретения.
Себестоимость реализованных (выбывших) ценных бумаг определяется путем вычитания из суммы себестоимости остатков ценных бумаг на начало месяца и себестоимости поступивших за месяц ценных бумаг, себестоимости остатка ценных бумаг на конец месяца (приложение 2 к «Правилам», утвержденным Постановлением ФКЦБ № 40).
Описание порядка применения методов оценки ценных бумаг, содержащееся в «Правилах» ФКЦБ, в точности совпадает с порядком, изложенным МФ РФ в бухгалтерском стандарте ПБУ 19/02: в качестве периода для расчета установлен месяц, по окончании которого определяется средняя себестоимость ценных бумаг в остатке на начало следующего месяца. Применительно к организации налогового учета ценных бумаг это может означать следующее. В случае, если в следующем месяце имели место операции приобретения и выбытия ценных бумаг, расчет производится исходя из первых по времени приобретения пакетов цен. Таким образом, для тех случаев, когда на протяжении нескольких месяцев (лет) движения ценных бумаг не происходит, оценка выбывающего пакета производится на основании имеющейся в бухгалтерском учете информации о средней цене конкретных ценных бумаг, числящихся в остатке на начало того месяца, в котором произошло их выбытие (то есть в этом случае данные бухгалтерского учета будут совпадать с данными налогового учета).