Внутренний аудит является структурным элементом системы внутреннего контроля. Т.е. научные разработки и практические рекомендации по внутреннему аудиту в той или иной можно использовать при организации внутрихозяйственного контроля. При этом аудит не является одним из видов внутрихозяйственного контроля в чистом виде, и отождествление внутреннего аудита с внутрихозяйственным контролем является неправомерным и противоречащим Международным стандартам аудита.
Целью Акционерного общества является не создание системы контроля, которая полностью гарантирует отсутствие отклонений, ошибок и неэффективности в работе, а системы, которая помогает их своевременно обнаруживать и устранять, содействуя повышению эффективности работы. Однако даже хорошо организованная система внутреннего контроля нуждается в оценке своей эффективности и результативности как с точки зрения достижения поставленных целей, так и с точки зрения экономичности. Достижению этих целей и служит внутренний аудит. Внутренний аудит - это независимая оценка всех аспектов деятельности Акционерного общества, которая осуществляется внутри компании и направлена на создание у менеджмента уверенности в том, что существующая система внутреннего контроля надежная и эффективная.
Организационная система должна помогать внутренним аудиторам оставаться независимыми. Парадигма профессиональной независимости аудита, в сущности, является главным его содержанием, удовлетворяющим требованиям общества к этой профессии. Это можно обеспечить путем разработки и утверждения определенных положений о внутреннем аудите в компаниях, также изданием приказов на осуществление конкретных проверок, в частности ценных бумаг, в которых следует определить цель, задачу, организацию, способы проверки и т.п. Это обеспечит разработку объективных рекомендаций об эффективности операций с ценными бумагами.